O Mosteiro de Santo António do Varatojo foi fundado por D. Afonso V em 1470, como cumprimento de uma promessa que o monarca havia feito a Santo António, pedindo auxílio para as campanhas do Norte de África.
Em meados do século XVI, devido possivelmente aos estragos que o terramoto de 1531 havia provocado na estrutura monacal, D. João III mandou refazer e aumentar o espaço dos dormitórios, na mesma época em que foi edificada a enfermaria, bem como a capela-mor do templo, edificada a expensas da rainha D. Catarina
No ano de 1680 instalou-se no Varatojo o Colégio de Missionários Apostólicos, e cerca de 1739 foi acrescentado à zona dos dormitórios um novo piso, para albergar o noviciado do colégio. No entanto, com a extinção das Ordens Religiosas em 1834, a comunidade de franciscanos do mosteiro foi dispersa, e alguns anos mais tarde, em 1845, o edifício monacal foi vendido em hasta pública ao Barão da Torre de Moncorvo. O espaço acabou por voltar para a posse dos frades franciscanos, que compraram o mosteiro ao herdeiro do barão em 1861.
Os religiosos do Varatojo voltaram a perder o mosteiro depois da implantação da República, sendo forçados a abandonar o espaço ainda no ano de 1910. O mosteiro era então transformado em asilo de idosos. A comunidade franciscana só voltou a ocupar o cenóbio em 1928, no ano em que o Governo português entregou o espaço às Missões Franciscanas Portuguesas, mantendo-se na sua posse até hoje.
O espaço do mosteiro apresenta uma estrutura eclética que conseguiu integrar vários modelos diferentes relativos às diversas épocas construtivas, nomeadamente um portal gótico gravado com baixos relevos, e o claustro quatrocentista, o tecto mudéjar da portaria e vários portais manuelinos no espaço claustral, o templo maneirista, vários painéis de azulejo, tanto de gosto maneirista como azulejos de padrão e figurativos de gosto barroco, altares de talha de estilo nacional e uma tela da autoria de Bacarelli, colocada na capela-mor.
Implantando numa encosta, destaca-se o pequeno espaço da cerca conventual, pelo valor botânico da sua frondosa mata. Este convento tem a curiosidade de ainda albergar uma comunidade monástica que produz e vende plantas e remédios naturais. Também vale a pena reparar na gigantesca trepadeira que abraça a quase totalidade do claustro.
