A denominação tradicional desta quinta, situada em Azeitão, deve-se possivelmente à alcunha de "Bacalhau" que tinha D. Jerónimo Manuel, Capitão-Mor das naves da carreira da Índia, marido de D. Maria de Mendonça e Albuquerque, herdeira da Quinta da Bacalhoa, que foi pertença de Afonso de Albuquerque, filho do vice-rei da Índia com o mesmo nome.
Foi, ainda, por mais de 500 anos, a Quinta e o Palácio da Bacalhôa um nobre domínio: primeiro na posse dos infantes da Dinastia de Aviz e posteriormente na de Afonso Brás de Albuquerque, ou Afonso de Albuquerque, filho. Porém, após a morte deste notável fidalgo, o domínio sofreu um percurso acidentado e por vezes degradante.
O Palácio e a Quinta da Bacalhôa formam só por si um monumento artístico da mais alta significação em Portugal. Foi o inicio de uma grande revolução artística chamada a Renascença. Impunham-se regras de simetria e ordem, subordinava-se o traçado do edifício a um todo homogéneo, formando como o homem, um ser único e simétrico nas suas partes. A Bacalhôa será talvez a edificação, em que se estreou em Portugal o estilo arquitectónico da Renascença, uma estreia de transição mas que também não obedece a um estilo puro.
Os seus vinhos, o Quinta da Bacalhôa e o Palácio da Bacalhôa, são dos mais famosos de Portugal. Relatos hoje históricos falavam sempre de vinhas na Quinta.
As condições edafoclimáticas da Quinta, a sua exposição suave a Norte e os seus solos, permitem uma maturação longa e completa das duas castas. Estas condições especiais marcam e personalizam o vinho aí produzido. A primeira colheita é o 1979 e logo foi considerado um dos melhores vinhos de Portugal. Desde então todos os anos é lançado um novo Quinta da Bacalhôa. Em 2000 é lançado pela primeira vez uma nova marca da Quinta, o Palácio da Bacalhôa, um “1º vinho” da propriedade que será produzido só nas melhores colheitas.
Os seus jardins e o engenhoso sistema hidráulico que os alimentavam são dos mais notáveis de Portugal. No plano estético representam um compromisso entre o gosto renascentista e a tradição portuguesa