Fundado no século XIV pelo prior D. Álvaro Gonçalves Pereira (cujo túmulo jaz no interior da igreja), o complexo é composto por três edificações distintas, que se interpenetraram ao longo do tempo: paço acastelado gótico, ampliado na centúria de quinhentos, que lhe conferiu o prospecto actual renascentista e mudéjar; igreja-fortaleza gótica e manuelina, de nave única de grande altura e largo transepto e cabeceira pouco profunda; e dependências conventuais renascentistas e mudéjares.
A Pousada Flor da Rosa, hoje hotel de luxo, soube potenciar ao máximo as características mais genuínas do monumento e pode considerar-se como uma intervenção arquitectónica brilhante que, para além de ser moderna, soube respeitar integralmente as suas orígens. O arquitecto Carrilho da Graça foi o responsável pelo projecto.
Em 1340, verificou-se a mudança da sede da Ordem do Hospital, de Leça do Balio, ou de Belver, para o Crato. Data do ano seguinte um documento que prova a intenção de D. Álvaro Gonçalves Pereira, prior da ordem, fundar uma capela no termo do Crato.
A partir do século XVI a Ordem do Hospital passou a denominar-se Ordem de Malta, nome que ainda hoje conserva.